Era uno dei più ricchi e celebri conventi del Veneto, e venne abolito dalla legge napoleonica nei primi anni del 1800 e ridotto a caserma. Sembra che fosse stato fondato nell'anno 870 da Rosio Vescovo di Padova, che nominò abate un prete chiamato Cristiano.

Quando gli Ungheri saccheggiarono Padova nel 914, distrussero il monastero di S. Giustina, uccisero i monaci e condussero via le monache. Il Vescovo Rosio oltre ad aver fondato il monastero, aveva ad esso donato il villaggio e le terre di Maserà e molti poderi a Cervarese, e quei beni gli Ungheri non poterono certo eliminarli. Quindi le monache che poterono fuggire dai rapitori, ritornarono, ed il convento venne rifatto più solido e più ampio ed il Vescovo Guaslino lo dotò di altre numerose possessioni, e cosi fecero anche il Vescovo Orso Gallo nel 1014 e Brocardo nel 1031, ed in tal modo quella congregazione divenne ricchissima.

Nel 1237 Ezzelino da Romano usurpò tutte le entrate ecclesiastiche. ed essendo fuggito l'abate Arnaldo, confiscò tutti i beni di Santa Giustina. Due anni dopo, nel 1239. l'imperatore di Germania Federico ordinò a Ezzelino di restituire tutte le possessioni del Monastero e di lasciar rientrare libero a Padova l'abate Arnaldo.

Nel 1246 nuova persecuzione del tiranno, che mandò Arnaldo a finire i suoi giorni in un'orrida prigione di Asolo, e ciò durò fino al 1256, nel quale anno la città fu liberata dal feroce tiranno.

Eletto abate Giacomo Bedelegno, questi ricuperò i beni usurpati ed il convento ritornò nell'antico splendore. Nell'anno 1300 era abate di S. Giustina Gualpertino Mussato, elevato a quella carica dal Papa Bonifacio VIII per far onore al fratello Albertino Mussato ambasciatore alla Corte di Roma per la Repubblica Padovana.

Nel 1400 era abate di S. Giustina Andrea da Carrara figlio illegittimo di Francesco Novello ultimo signore di Padova. Questo abate diede ricovero nel convento a molti altri suoi fratelli, figli illegittimi di Novello. ed a molti altri bastardi della stessa famiglia, ed il grande patrimonio andò consumato in banchetti. feste. giuochi. cani. cavalli. cortigiani e pensioni annue a tutti quegli illegittimi. ed il monastero decadde. Nel 1405. caduti i Carraresi. s'impadronì di Padova la Serenissima, ed il monastero rialzò le sue sorti e non ebbe altre dolorose vicende fino alla sua soppressione.